Gmina leży na terenie zróżnicowanym jeśli chodzi o zasoby wodne. Są one najbogatsze w dolinie Sanu i nieco mniejsze w dolinie rzeki Bukowa. Na terenie gminy Pysznica występuje sieć rzeczna o długości 62,1 km (w tym rz. San 13,3km), rowy melioracyjne (54,3 km), sieć drenarska (385 ha) oraz wały przeciwpowodziowe (6,42 km).

W roku 2004 oddano do eksploatacji oczyszczalnię ścieków w miejscowości Jastkowice o przepustowości Q_śr.dobowe = 325 m³/dobę oraz rozpoczęto budowę sieci kanalizacyjnej. Oczyszczalnia ścieków w Jastkowicach to zblokowana mechaniczno - biologiczna oczyszczalnia oparta na procesie recylkulacji osadu czynnego z pełną nitryfikacją i denitryfikacją oraz chemiczną redukcją fosforu. W skład oczyszczalni ścieków wchodzą następujące urządzenia i obiekty technologiczne:

• studnia z sitem pionowym,

• pompownia ścieków surowych,

• wielofunkcyjny reaktor osadu czynnego,

• punkt zlewny ścieków, dowożonych samochodami asenizacyjnymi ze zbiornikiem retencyjno - uśredniającym,

• zbiornik i pompowania osadu nadmiernego,

• stacja reagentu PIX,

• stacja mechanicznego odwadniania osadu z urządzeniami systemu Draimad – Tekoag.

Oczyszczalnia posiada pozwolenie wodnoprawne na zrzut ścieków obowiązujące do końca 2012 r.

Do końca 2008r. wybudowano 49,11 km sieci kanalizacyjnej w miejscowościach: Pysznica, Jastkowice, Chłopska Wola. Do sieci podłączonych jest aktualnie 1045 gospodarstw domowych. Do oczyszczalni ścieków dowożone są ścieki ze zbiorników bezodpływowych (szamb) z terenu gminy.

W związku z ciągłą rozbudową sieci kanalizacyjnej planowana jest modernizacja i rozbudowa oczyszczalni ścieków w Jastkowicach do przepustowości Q_śr.dobowe = 700 m³/dobę. Mieszkańcy pozostałej nieskanalizowanej część gminy Pysznica korzystają z usług Gminnego Zakładu Komunalnego lub prywatnych właścicieli pojazdów do wywozu nieczystości płynnych.

Kwestie związane z ochroną środowiska na terenie gminy Pysznica reguluje Program Ochrony Środowiska dla Gminy Pysznica.